Universitas Warmadewa dipimpin oleh seorang Rektor dan sesuai dengan PP No. 30 Tahun 1990 dan PP No. 60 Tahun 1999, Rektor dibantu oleh 3 (tiga) orang Wakil Rektor masing-masing di bidang Akademik (Wakil Rektor 1), Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum dan Keuangan (Wakil Rektor II) dan Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan (Wakil Rektor III). Dalam menyelenggarakan Tugas Pokok dan Fungsinya, Rektor juga dibantu oleh para Dekan (Pimpinan Fakultas) serta Pimpinan Unit dan Sub Unit Kerja.
Sejak berdirinya Universitas Warmadewa tahun 1984, Universitas Warmadewa telah mengalami pergantian kepemimpinan sebagai berikut :
1. Periode 1984 - 1987
Rektor : Prof. dr. I G.A.G. Puthra (Alm)
PR I : Drs. I Wayan Rendha (Alm)
PR II : Drs. Sembah Subhakti
PR III : I Wayan Waya, S.H.
2. Periode 1987 -1990
Rektor : Prof. Putu Kuna Winaya, S.E. (Alm)
PR I : Drs. I Wayan Rendha (Alm)
PR II : Drs. Sembah Subhakti
PR III : I Wayan Waya, S.H.
3. Periode 1990 - 1994
Rektor : Prof. Ir. Putu Djapa Winaya, M.Sc.
PR I : Drs. I Wayan Rendha (Alm)
PR II : Drs. Sembah Subhakti
PR III : I Wayan Waya, S.H.
Wakil PR I : Ir. I Ketut Sugihantara
Wakil PR II : I Gusti Ngurah Wijaya, S.E.
Wakil PR III: I Nyoman Suendra DA, S.H.
4. Periode 1994 - 1998
Rektor : Prof. dr. I.G.A.G. Puthra (Alm)
WR I : Ir. I Ketut Sunadra, M.Si
WR II : Drs. I Wayan Arjana
WR III : Ir. I Gusti Made S. Diarsa
5. Periode 1998 - 2003
Rektor : Prof. Dr. Nyoman Sutawan
WR I : Ir. I Putu Gde Suranata, MT
WR II : I Made Sara, SE, MP.
WR III : Ir. I Gst. Made S.Diarsa, MT
6. Periode 2003 – 2007
Penjabat Rektor : I Wayan Waya, SH (3 bulan)
Rektor : Prof. dr. I B Tjitarsa, MPH (alm)
WR I : Ir. I Putu Gde Suranata, MT
WR II : I Wayan Gede Merta, SE. M.Si
WR III : I Nyoman Putu Budiartha, SH, MH
7. Periode 2007 - 2011
Rektor : Prof. Dr. I Made Sukarsa, SE.,MS.
WR I : Dr. Drs. I Made Yudhiantara, MAP
WR II : IB. Udayana Putra, SE, M.M
WR III : Ir. A.A.Ngr. Mayun Wirajaya, MM
8. Periode 2011 - 2015
Rektor : Prof. Dr. I Made Sukarsa, SE.,MS.
WR I : Dr. Nyoman Kardana, M.Hum.
WR II : IB. Udayana Putra, SE, M.M
WR III : Ir. A.A.Ngr. Mayun Wirajaya, MM
9. Periode 2015 - 2019
Rektor : Prof. dr. Dewa Putu Widjana, DAP&E., Sp.ParK.
WR I : Ir. I Nyoman Kaca, M.Si
WR II : Ni Putu Pertamawati, SE.MM
WR III : Dr. Ir. I Wayan Parwata, MT
10. Periode 2019 - 2023
Rektor : Prof. dr. Dewa Putu Widjana, DAP&E., Sp.ParK.
WR I : Ir. I Nyoman Kaca, M.Si
WR II : Ni Putu Pertamawati, SE.MM
WR III : Dr. Ir. I Wayan Parwata, MT
11. Periode 2023 - 2027
Rektor : Prof.Dr.Ir I Gde Suranaya Pandit, M.P.
WR I : Dr. dr. Dewa Ayu Putri Sri Masyeni, Sp.PD-KPTI
WR II : Dr. Putu Ngurah Suyatna Yasa, S.E.,M.Si
WR III : Dr. I Nyoman Sujana, S.H.,M.Hum
Pejabat Struktural Kantor Pusat/ Rektorat Masa Bakti 2024-2028
| Kepala Badan Penjaminan Mutu | : | Prof. Dr. Ni Luh Made Mahendrawati, S.H. M.Hum. |
| Sekretaris Badan Penjaminan Mutu | : | - |
| Kepala Satuan Pengawas Internal | : | Drs. I Wayan Sudemen., M.Si. |
| Sekretaris Satuan Pengawas Internal | : | Ida I Dewa Ayu Mas Manik Sastri., S.E., M.Si., Ak., CA |
| Kepala Lembaga Penelitian | : | Prof. Dr. I Made Suwitra,. S.H., M.H. |
| Sekretaris Lembaga Penelitian | : | Luh Kade Datrini. S.E., M.Si. |
| Kepala Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat | : | Dr. Drs. I Wayan Wesna Astara. S.H., M.Hum. |
| Sekretaris Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat | : | I Ketut Selamet, SE., M,Si |
| Kepala Lembaga Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran | dr. Rima Kusuma Ningrum,MMedEd | |
| Sekretaris Lembaga Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran | Ir. I Made Kawan, M.P. | |
| Kepala BAARES | : | Putu Sudiarta, S.E., M.M. |
| Kepala BASKARA | : | Dr. Ni Wayan Siramiati, S.E.M.M |
| Kepala BAMAKERMAS | : | Dr. Agus Darma Yoga Pratama, S.S., M.Hum. |
| Kabag. Perpustakaan | : | I Putu Astina. S.Sos., M.A. |
| Kabag. Kemahasiswaan dan Alumnian | : | A.A Gd Agung Hardi Wahyu D, S.E.,M.M |
| Kabag. Akademik | : | Ni Luh Putu Eka Purwaningsih,S.E.,M.M |
| Kabag Kehumasan dan Protokol | : | I Made Dony Suryawan , S.Pd.,M.Pd |
| Kabag. Umum & Rumah dan Tangga | : | I Wayan Supartha, SE |
| Kabag. Perlengkapan & Pemeliharaan | : | Putu Agus Kartika, A.Md |
| Kabag. Sumber Daya Manusia | : | A.A Gde Wisnu Putra,S.AP.,MAP |
| Kabag. Keuangan | : | I Made Sujana, S.AP |
| Kabag. Keamanan & Parkir | : | I Made Alit Mudiartha, S.H. |
| Kabag. Registik | : | Gusti Ketut Lilik Suryani |
| Ka. UPT TIK & PD | : | I Gusti Lanang Putu Tantra, SE., M.Si |
| Kabag. Pendidikan | Ni Nyoman Astiti Asih ,SH.,MH | |
| Sekretaris Pimpinan | : | I Gusti Ayu Alit Ariani |
| Kasubag. Akademik | : | Ni Wayan Pradnyawati Kartika, S.Pd |
| Kasubag. Registik | : | Ni Ketut Putrining |
| Kasubag. TU & RT | : | Ni Made Murtini |
| Kasubag. TU Keuangan | : | Ni Wayan Wida Adnyani, SE |
| Kasir | : | A.A. Laksmi Widyawati, SE |
| Kasubag Sumber Daya Manusia | : | - |
| Kasubag Minat Bakat | : | I Kadek Vanny Yuanta Mertaganda, SE |
| Kasubag Verifikasi | : | Ni Luh Suwitri, S.AP. |
| Kasubag. Perlengkapan dan Pemeliharaan | : | I Made Sunardika, SE |
| Kasubag. Perpustakaan | : | Ni Wayan Anik Hartini Ari, S.S.I |
| Kasubag. Keamanan | : | I Ketut Suwitra, S.M |
| Kasubag. Parkir | : | I Made Astawa |