Universitas Warmadewa dipimpin oleh seorang Rektor dan sesuai dengan PP No. 30 Tahun 1990 dan PP No. 60 Tahun 1999,  Rektor dibantu oleh 3 (tiga) orang Wakil Rektor masing-masing di bidang Akademik  (Wakil Rektor 1), Wakil Rektor  Bidang Administrasi Umum dan Keuangan (Wakil Rektor II) dan Wakil Rektor  Bidang Kemahasiswaan (Wakil Rektor III). Dalam menyelenggarakan Tugas Pokok dan Fungsinya, Rektor juga dibantu oleh para Dekan (Pimpinan Fakultas) serta  Pimpinan Unit dan Sub Unit Kerja.

Sejak berdirinya Universitas Warmadewa tahun 1984, Universitas Warmadewa telah mengalami pergantian kepemimpinan sebagai berikut :

1. Periode 1984 - 1987

    Rektor  : Prof. dr. I G.A.G. Puthra (Alm)

    PR I     : Drs. I Wayan Rendha (Alm)

    PR II    : Drs. Sembah Subhakti

    PR III   : I Wayan Waya, S.H.

2. Periode 1987 -1990

    Rektor : Prof. Putu Kuna Winaya, S.E. (Alm)

    PR I     : Drs. I Wayan Rendha (Alm)

    PR II    : Drs. Sembah Subhakti

    PR III   : I Wayan Waya, S.H.

3. Periode 1990 - 1994

    Rektor          : Prof. Ir. Putu Djapa Winaya, M.Sc.

    PR I             : Drs. I Wayan Rendha (Alm)

    PR II            : Drs. Sembah Subhakti

    PR III           : I Wayan Waya, S.H.

    Wakil PR I   : Ir. I Ketut Sugihantara

    Wakil PR II  : I Gusti Ngurah Wijaya, S.E.

    Wakil PR III: I Nyoman Suendra DA, S.H.

4. Periode 1994 - 1998

    Rektor  : Prof. dr. I.G.A.G. Puthra (Alm)

    PR I     : Ir. I Ketut Sunadra, M.Si

    PR II    : Drs. I Wayan Arjana

    PR III   : Ir. I Gusti Made S. Diarsa

5. Periode 1998 - 2003

    Rektor  : Prof. Dr. Nyoman Sutawan

    PR I     : Ir. I Putu Gde Suranata, MT

    PR II    : I Made Sara, SE, MP.

    PR III   : Ir. I Gst. Made S.Diarsa, MT

6. Periode 2003 – 2007

    Penjabat Rektor : I Wayan Waya, SH (3 bulan)

    Rektor                  : Prof. dr. I B Tjitarsa, MPH (alm)

    PR I                     : Ir. I Putu Gde Suranata, MT

    PR II                    : I Wayan Gede Merta, SE. M.Si

    PR III                   : I Nyoman Putu Budiartha, SH, MH

7. Periode 2007 - 2011

    Rektor  : Prof. Dr. I Made Sukarsa, SE.,MS.

    PR I     : Dr. Nyoman Kardana, M.Hum.

    PR II    : IB. Udayana Putra, SE, M.M

    PR III   : Ir. A.A.Ngr. Mayun Wirajaya, MM

8. Periode 2011 - 2015

    Rektor  : Prof. Dr. I Made Sukarsa, SE.,MS.

    PR I     : Dr. Nyoman Kardana, M.Hum.

    PR II    : IB. Udayana Putra, SE, M.M

    PR III   : Ir. A.A.Ngr. Mayun Wirajaya, MM

9. Periode 2015 - 2019

    Rektor  : Prof. dr. Dewa Putu Widjana, DAP&E., Sp.ParK.

    PR I     : Ir. I Nyoman Kaca, M.Si

    PR II    : Ni Putu Pertamawati, SE.MM

    PR III   : Dr. Ir. I Wayan Parwata, MT

Pejabat Struktural Kantor Pusat/ Rektorat Masa Bakti 2016-2020